联合实验室依托于北京大学环境科学与工程学院，学院所在的环境大楼位于北京大学成府园区，总建筑面积20500平方米，其中地上五层为科研实验室空间和办公空间，实行分区管理，南侧区域约1/3空间为学院办公区，北侧2/3空间为学院实验区。楼内目前建设有环境模拟与污染控制国家重点实验室、水沙科学教育部重点实验室、北京市新型污水深度处理工程技术研究中心、北京大学工程科学与新兴技术高精尖创新中心以及北京大学工程计量认证实验室等重要科研平台。大楼地下部分共有三层，其中地下一层为学院会议和交流区，配备先进的多媒体设备，具备承办大型学术交流以及国际报告的能力；地下二层为实验区域，承担无尘实验工作。环境大楼可为联合实验室的科学研究、人才培养和学术交流提供良好的环境。
在联合实验室的后勤保障方面，以中关新园为代表的北京大学留学生和外专公寓硬件设施平台为此提供了便利。北京大学中关新园位于北京大学东门附近，是北京大学为扩充留学生、外国专家的住宿缺口和大型国际学术交流活动接待能力所提供的留学生公寓和外专公寓综合性园区。园区由9栋楼组成，建筑面积17.2万平方米，可容纳约4000名留学生、276名外国专家、266名博士后居住。
